พลตำรวจโทฉัตร เกิดเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2447 ที่อำเภอเมืองราชบุรี จังหวัดราชบุรี เป็นบุตรคนที่ 4 ในบรรดาพี่น้องร่วมบิดามารดาทั้งหมด 6 คนของขุนไกรนารายณ์ (กลับ หนุนภักดี) กับนางไกรนารายณ์ (มาลัย หนุนภักดี) สมรสกับนางประยงค์ หนุนภักดี (สกุลเดิม:วิชิตกลชัย) บุตรีของ หลวงวิชิตกลชัย กับนางวิชิตกลชัย (สายหยุด วิชิตกลชัย) มีบุตร-ธิดาทั้งสิ้น 7 คนคือ

• ประยงค์ฉัตร ผุดผาด
• พยอม เศรษฐบุตร
• พลเอก อิสระพงศ์ หนุนภักดี
• คุณหญิงวรรณี คราประยูร
• เด็กหญิงต้อย หนุนภักดี
• ณรงค์ศักดิ์ หนุนภักดี
• อัครฉัตร หนุนภักดี